南湖原本是个被海水淹没的地方，随着长江和钱塘江携带而来的大量泥沙不断沉积，导致陆地不断延伸，海水逐渐退出，变成洼地，后来由于运河各渠流水不断注入而形成湖泊。
南湖位于嘉兴河网中心，与周围河道互相流通，从古至今是嘉兴市境内各主要河流蓄泄之处，平湖塘、嘉善塘与其相连，海盐塘、长水塘均流入其中。
