南京站与南京南站主要的区别是:一、南京站停靠的火车动车与高铁较少，普通列车都停靠。
二、南京南站只停动车与高铁列车，普通列车不停靠。
三、南京站就在南京市区，南京南站远离市区。
四、南京站规模较小，南京南站是我国最大的火车站。
