柯南和灰原哀不能在一起的原因是因为他们的身份和年龄问题。
柯南其实是工藤新一变小后的化身，而灰原哀则是迫害他家人的黑暗组织的成员。
他们只能在探案过程中合作，而不能成为情侣。
另外，柯南和灰原哀的年龄相差较大，灰原哀比柯南大七岁，这也是不利于他们之间发展恋情的因素之一。
