最大的不同主要有两点：
1.地理位置不同：
它们是两个不同的站点。
广州站在越秀区，广州南站在在番禺区。
2.路线不同：
广州火车站主要承担京广线、广茂线、广珠线、部分广深线的始发终到旅客列车作业；广州南站(高铁站)，是连接广珠城际和广深港高铁、武广高铁的重要枢纽，也是京港高铁（深港段）、南广铁路、贵广铁路、广佛环线、广佛肇城际轨道交通的交汇点。
